Эмболический гнойный нефрит возникает при заносе в почки гематогенным путем гноеродных микроорганизмов из первичных гнойных очагов (например, при язвенном эндокардите, гнойном эндометрите, мастите, бронхопневмонии и др.)- Гноеродные микроорганизмы, проникнув с током крови в почки, задерживаются прежде всего в артериолах клубочков, частично в капиллярах коркового и мозгового слоев (бактериальная эмболия). Здесь они размножаются и вызывают гнойное расплавление тканей. Из клубочков микробы выделяются в полость капсулы, а отсюда попадают в просвет канальцев разных отделов (микробные цилиндры), вызывая и здесь развитие мелких очагов гнойного расплавления окружающих тканей (микроабсцессы).
Мелкие абсцессы, прогрессируя в развитии, сливаются и образуют более крупные очаги поражения. Если эмбол достиг большой величины и закупорил какую-либо крупную артериальную веточку (например, отделившийся кусочек гнойно-размягченного тромба или клапана), появляется инфаркт, который вскоре подвергается также гнойному размягчению.
Развитие микроабсцессов в паренхиме органа сопровождается гнойной инфильтрацией интерстициальной соединительной ткани, дистрофическими и некротическими изменениями эпителия канальцев почек, располагающихся непосредственно вокруг очагов нагноения.