Отличительные признаки хронического катара кишечника:слабо выраженные сосудистые явления (воспалительная гиперемия, выпотевание серозной жидкости, эмиграция лейкоцитов), усиление дистрофических и некротических процессов в кишечном эпителии и атрофические изменения слизистой (ворсинок, желез), сопровождающиеся разростом соединительной ткани.
Уже под малым увеличением можно установить, что покровный эпителий почти полностью отсутствует (его можно обнаружить лишь в отдельных участках), ворсинки обнажены, местами атрофированы. Железы раздвинуты и сдавлены разрастающейся соединительной тканью (соединительная ткань особенно легко выявляется на препарате, окрашенном пнкрофуксином). Многие из них в состоянии атрофии, распада и представляются в виде небольших островков среди разросшейся соединительной ткани. В большей степени сохранились глубокие части крипт, имеющие вид вытянутых извитых трубок. Просветы некоторых желез кистевидно растянуты. В участках с резко выраженными атрофическимн изменениями слизистая истончена. Лимфатические фолликулы увеличены, центры их окрашиваются в бледный цвет. Подслизистая или не изменена, или в ней отмечают разроет соединительной ткани. Мышечный слой утолщен.
При большом увеличении легко установить слизистую дистрофию н распад клеток покровного эпителия (там, где они еще сохранились). Наряду с этим идет регенерация эпителия со стороны сохранившихся клеток глубоких частей крипт. Образующиеся молодые клетки интенсивно окрашиваются гематоксилином, и ядра в них располагаются обычно в центре. В атрофирующихся железах клетки сморщены, уменьшены в объеме, ядра в них пикнотичные, просветы желез спавшиеся. В участках разрастающейся интерстициальной соединительной ткани в большом количестве обнаруживают фибробласты, гистиоциты, плазматические клетки с примесью лимфоцитов и полиморфно-ядерных лейкоцитов (или эозинофилов).
Сосуды слабо инъецированы. В лимфатических фолликулах наблюдают пролиферацию ретикулярных клеток в зародышевых центрах.
В мышечном слое — гипертрофия мышечных пучков, иногда разроет межмышечной соединительной ткани. В серозной оболочке изменений нет.