Под организацией следует понимать замещение некротических участков, плотных экссудатов, излившейся крови и т. д. волокнистой соединительной тканью. При организации происходит реактивное воспаление в пограничной живой ткани, рассасывание мертвого материала и замещение его соединительной тканью. Эти процессы взаимозависимы и одновременны. По мере рассасывания мертвого вещества (ферментативным путем или путем фагоцитоза) из окружающей живой ткани врастают вместе с кровеносными сосудами клетки молодой соединительной ткани или довольно равномерно, или же в виде тяжей. В итоге на месте мертвой массы образуется рубцовая соединительная ткань.
Хорошо можно проследить организацию фибринозного экссудата на плевре, эпикарде н других серозных оболочках при их воспалении.
Под малым увеличением микроскопа находят серозный покров и отложившийся на его поверхности фибринозный экссудат. Последний на срезах, окрашенных гематоксилин-эозином, имеет розовый цвет. Он располагается в виде переплетающихся толстых и тонких нитей, по существу образует крупно- или мелкоячеистую сеточку, в петлях которой находятся лейкоциты. Серозная оболочка в начальной стадии процесса несколько утолщена (незначительный воспалительный отек), а сосуды ее расширены и налиты кровью.
Далее, изучая последующие стадии процесса, в серозном покрове отмечают накопление клеток, особенно ближе к поверхности его, и проникновение этих клеток в прилегающий фибринозный экссудат.
При большом увеличении микроскопа устанавливают различный характер клеток (нейтрофильные лейкоциты, гистиоциты, лимфо-идные, эпителиоидные клетки и фибробласты). По мере утолщения серозной оболочки в результате увеличения количества клеток в ней обнаруживают также вновь образованные капилляры, которые в большинстве направлены в сторону фибринозного экссудата. Эндотелий этих сосудов сильно набухший, а в их просветах содержится больше лейкоцитов, чем эритроцитов. В последующей стадии процесса у основания серозной оболочки образуется уже зрелая соединительная ткань с малым количеством клеточных форм, а на границе с экссудатом — грануляционная. Клетки скапливаются преимущественно около кровеносных сосудов. Особенно много здесь нейтрофильных лейкоцитов, что и способствует лучшему и более быстрому рассасыванию экссудата ферментативным путем. В итоге может произойти полное рассасывание фибринозного экссудата, а на этом месте остается зрелая соединительная ткань. Последняя, если она росла диффузно, вызывает равномерное утолщение серозной оболочки, а если врастала тяжами—оставляет на поверхности оболочки ворсинчатые или бородавчатые утолщения. При слипчнвом воспалении париетального и висцерального листков результатом организации может быть облитерация полости или образование синехий. Утолщенная серозная оболочка, ворсинки, бородавчатые утолщения и синехий снаружи покрыты мезотелием. Он регенерирует очень хорошо и легко покрывает большие участки поврежденного серозного покрова.