Микроскопическая картина острого катара кишечника характеризуется в той или иной степени выраженной гиперемией, серозным отеком ворсинок и толщи слизистой, непостоянными диапедезными кровоизлияниями и эмиграцией лейкоцитов. К этому позднее присоединяются слизистая дистрофия и слущивание эпителия. Иногда наблюдается также серозно-клеточная инфильтрация подслизистой. Одновременно наступают изменения и в лимфатических фолликулах стенки кишечника. Они выражаются или размножением ретикулярных клеток в зародышевых центрах, или некробиотическими процессами, заканчивающимися распадом ретикулярных и лимфоидных клеток.
При малом увеличении устанавливают, что нормальная структура слизистой изменена, границы ее расширены, ворсинки сильно утолщены, деформированы (особенно на концах); эпителиальный покров их полностью или частично отсутствует, нет клеток и в верхних отделах многих крипт, вследствие чего очертания отдельных ворсинок плохо выражены, различают лишь их концы. В соединительнотканной основе ворсинок, а также в толще слизистой повышенное содержание клеток, сосуды расширены. Границы фолликулов выступают более или менее отчетливо, в ряде случаев фолликулы увеличены, с бледноокрашенным расширенным центром. На поверхности слизистой оболочки, особенно между ворсинками, иногда можно найти остатки экссудата.
При большом увеличении видно, что экссудат содержит: I) слущенные, распадающиеся клетки покровного эпителия (в зависимости от степени выраженности десквамации клеток они располагаются или поодиночке или группами, а иногда лежат целыми пластами в виде лент); 2) серозную жидкость с примесью слизи (последняя имеет вид зернистой и нитчатой массы, окрашивающейся базофильно, темнее, чем серозная жидкость); 3) небольшое количество полиморфноядерных лейкоцитов, могут встречаться также единичные эритроциты.